Implantation du microbiote intestinal chez l’enfant : ontogenèse d’une niche écologiqueby Anne Filleron, Estelle Jumas-Bilak

Revue Francophone des Laboratoires

About

Year
2015
DOI
10.1016/S1773-035X(15)72819-4
Subject
Analytical Chemistry / Biochemistry, medical / Medical Laboratory Technology

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Text

MICROBIOTE HUMAIN

REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - FÉVRIER 2015 - N°469// 27 article reçu le 15 juillet, accepté le 26 août 2014 © 2015 – Elsevier Masson SAS – Tous droits réservés.

RÉSUMÉ

Environ 100 000 milliards de bactéries sont dénombrées dans le tube digestif de l’homme, soit 10 fois plus que de cellules humaines. À la suite des projets de description du génome humain, des recherches intensives s’attachent à déterminer le rôle des bactéries résidentes dans la santé et la maladie de l’homme, c’est-à-dire à caractériser le « deuxième génome humain ».

Le microbiote intestinal est une communauté écologique complexe de par ses activités collectives et les interactions avec l’homme. Au sein de cette niche, l’équilibre est assuré par des boucles de régulation ; mais des facteurs externes ou même certaines bactéries résidentes peuvent jouer un rôle déstabilisant et favorisant la pathologie aiguë ou chronique. Les premières semaines de vie sont cruciales dans l’implantation du microbiote intestinal et également dans le développement de ces interactions. La prématurité conduit à une dysbiose initiale et à une dynamique d’implantation du microbiote différente de celle des nouveau-nés à terme. La dysbiose du microbiote intestinal du nouveau-né prématuré peut conduire à des maladies infectieuses précoces. Son impact tout au long de la vie reste à évaluer.

Microbiote – tube digestif – niche écologique – implantation – résilience – prématurité – nouveau-né.

Anne Fillerona,*, Estelle Jumas-Bilakb,c

Implantation du microbiote intestinal chez l’enfant : ontogenèse d’une niche écologique a Service de pédiatrie

Centre hospitalier universitaire Carémeau

Place du Professeur Robert-Debré 30029 Nîmes cedex 9 b Laboratoire d’hygiène hospitalière

Centre hospitalier universitaire de Montpellier

Hôpital Arnaud-de-Villeneuve 371, av. du Doyen Gaston-Giraud 34295 Montpellier cedex 5 c UMR 5119 Équipe Pathogènes et environnements

Université Montpellier 1

UFR des sciences pharmaceutiques et biologiques 15, av. Charles-Flahault – B.P. 14491 34093 Montpellier cedex 5 * Correspondance : anne.filleron@chu-nimes.fr

SUMMARY

Establishment of the intestinal microbiota in children: ontogenesis of an ecological niche

Approximately 100,000 billion bacteria are counted in the human intestine, 10 times more than human cells. Following projects for description of the human genome, intensive research focuses on determine the role of resident bacteria in health and disease human, ie to characterize the «second human genome».

Intestinal microbiota is a complex ecological community of its collective activities and interactions with humans. In this niche, the balance is provided by control feedbacks, but external factors or even some resident bacteria can destabilize and promote acute or chronic pathology. First weeks of life are critical in the establishment of the intestinal microbiota and also in the development of these interactions.

Prematurity promotes initial dysbiosis and dynamic of establishment of intestinal microbiota different of term neonates. Dysbiosis of the intestinal microbiota of preterm infants can lead to early infectious diseases.

Its impact on the rest of life remains to be determined.

Microbiota – gastrointestinal tract – ecological niche – establishment – resilience – prematurity – neonate. 1. Les microbiotes : nouveaux savoirs, nouveaux concepts « Qui sommes-nous ? » est une question philosophique mais aussi biologique et écologique. L’homme n’est pas seulement constitué de cellules humaines, il abrite l’autre et l’autre participe à son être biologique [1]. Les êtres vivants les plus directement et intimement associés à l’homme sont des microorganismes formant le microbiote humain.

Le microbiote (du grec mikros : petit et bios : vie) désigne les espèces microscopiques qui prédominent et/ou sont durablement adaptées à la surface et à l’intérieur d’un organisme vivant. Microbiote dérive de l’anglais microbiota et remplace aujourd’hui les termes désuets de flore microbienne ou de microflore. La définition du microbiome est plus controversée. Il s’agit selon les auteurs et leurs préoccupations écologiques ou génomiques, soit de l’aire de vie du microbiote, soit l’ensemble des génomes ou des gènes constituant un microbiote. Cette dernière définition correspond à l’usage initial proposé par Josua Lederberg en 2001 pour promouvoir l’étude de nos bactéries résidentes et de leurs gènes comme partie intégrante du génome humain [2].

L’étude du microbiome humain montre que la diversité intraindividuelle et la diversité inter-individuelle varient en fonction des microbiotes. Le « Human microbiome project » (HMP) a identifié au niveau des 18 sites prélevés, 30 phylums, 51 classes, 125 ordres, 493 familles et 929 genres bactériens. 28 // REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - FÉVRIER 2015 - N°469 faciliter la cohabitation sur les surfaces épithéliales et utiliser efficacement les sous-produits métaboliques, tandis que d’autres ont développé des approches antagonistes de type compétitif en cas de co-colonisation [11]. Ces relations se traduisent par des attachements dépendants du contact et de la communication cellulaire par quorum-sensing, une amélioration de la colonisation, une augmentation des phénotypes de virulence, une immunomodulation ou une combinaison de ces événements [13]. Le quorum-sensing, mécanisme de communication inter- et intra-espèces utilisant des molécules auto-inductrices de type homosérine lactone, oligopeptides, auto-inducteurs 2 et acides gras dont la production dépend de la densité bactérienne, est décrit dans ce contexte et permet une modulation notamment de l’expression de gènes de virulence et de la formation de biofilm [12, 14]. 2.2. Les transferts génétiques : focus sur l’acquisition de résistances aux antibiotiques